Milchquark bildet sich, wenn Milch gerinnt. Bei der Gerinnung verklumpen chemische Prozesse, das Milchprotein Casein. Mit Mitteln wie Lab, das bei der Käseherstellung beteiligt ist, oder Säuren wie Essig und Zitronensaft, kann man Milch gezielt gerinnen lassen. Milch gerinnt auch auf natürliche Weise, wenn sie verdirbt. Die Flüssigkeit, die beim Gerinnen der Milch zurückbleibt, wird Molke genannt.
Die meiste natürliche Milchgerinnung erfolgt aufgrund von Proteasen, Enzymen, die bereits in der Milch vorhanden sind, sowie solchen, die durch bakterielle Kontamination eingeführt werden. Lichteinwirkung baut auch Methionin und Cystin, zwei Aminosäuren in der Milch, ab und trägt zum Gerinnen bei. Käsehersteller entdeckten, dass die Zugabe von Lab, Enzymen, die im Magen von Wiederkäuern produziert werden, dazu führt, dass Milch aufgrund der Protease Chymosin schnell gerinnt. Der Quark konnte dann zu Käse und Joghurt verarbeitet werden. Da die Vorräte an tierischem Lab knapp werden können, entwickelten die Käser für Lacto-Vegetarier pflanzliche Labs – getrocknete Kapernblätter und Feigensaft – und mikrobielle Labs, Schimmelpilze, die fermentiert und dann gereinigt werden. Die Gentechnik ermöglicht die Herstellung von Chymosin, indem Lab-produzierende Gene in Pilze und Hefen eingeschleust und anschließend fermentiert werden. Dieses durch Fermentation hergestellte Chymosin ist identisch mit dem in Tieren hergestellten Chymosin und ist seit 1990 weit verbreitet.