Häufige Ursachen für eine Kontamination von Lebensmitteln sind Bakterien, Viren und Parasiten, die während der Wachstums-, Ernte-, Verarbeitungs-, Versand- oder Zubereitungsphase in den Produktionsprozess gelangen. Zu den Lebensmitteln, die besonders anfällig für schädliche Kontaminationen sind, gehören rohe und fertige Lebensmittel -zu essende Lebensmittel wie Produkte, die vor dem Verzehr nicht gekocht werden.
E. coli ist einer der häufigsten Kontaminanten und ist das Ergebnis von zu wenig gegartem Rindfleisch, das während der Schlachtung mit Kot kontaminiert wurde. Eine Kreuzkontamination von Lebensmitteln mit Salmonellen ist in Küchen üblich, in denen Köche mit rohem Fleisch und Geflügel mit Werkzeugen oder ungewaschenen Händen umgehen, die auch mit gekochten oder verzehrfertigen Lebensmitteln umgehen, was zu einer Lebensmittelvergiftung für den Verbraucher führt.