Schokolade enthält Koffein und der Verzehr übermäßiger Mengen davon kann zu Nervosität, häufigem Wasserlassen, Herzrasen und Schlafstörungen führen. Schwangere und stillende Frauen sollten ihren Schokoladenkonsum mäßigen, ebenso Personen mit Bluthochdruck, Glaukom oder Verdauungsstörungen.
Schokolade oder Kakao kann allergische Hautreaktionen und Magenverstimmungen wie Verstopfung, Übelkeit, Magenknurren, Blähungen oder allgemeine Darmbeschwerden verursachen. Das in großen Mengen Schokolade enthaltene Koffein kann auch Migräne und Angstzustände verursachen und den Blutgerinnungsprozess verlangsamen, was bei Menschen mit Blutgerinnungsstörungen zu Blutungen und Blutergüssen führt. Menschen mit Herzerkrankungen sollten ihren Kakaokonsum überwachen, da dies zu unregelmäßigem Herzschlag führen kann. Reizdarmsyndrom, Durchfall und gastroösophagealer Reflux werden manchmal durch Koffein verschlimmert.
Während der Schwangerschaft kann das Koffein in Schokolade zu Frühgeburt, niedriger Geburtenrate und Fehlgeburten beitragen. Stillende Säuglinge, die Koffein über die Muttermilch der Mutter konsumieren, können reizbar werden und zu häufig Stuhlgang haben. Personen mit Osteoporose, Glaukom und Bluthochdruck können durch das Koffein in Schokolade unangenehme Symptome verspüren, und jeder, der sich einer Operation unterzieht, sollte zwei Wochen vor der Operation den gesamten Kakaokonsum einstellen, da dies die Blutzuckerkontrolle während und nach der Operation beeinträchtigen kann Operation.