Während Naturkäse aus rein natürlichen Zutaten und gereift hergestellt wird, wird Schmelzkäse in der Regel teilweise aus Naturkäse mit Zusatz von Konservierungsstoffen und künstlichen Zutaten hergestellt. Schmelzkäse wird dann emulgiert und in Form zum Schneiden gepresst oder in Dosen und Gläser extrudiert. Schmelzkäse hat im Allgemeinen auch einen viel höheren Natriumgehalt als Naturkäse und ist im Gegensatz zu Naturkäse normalerweise lagerstabil.
Die meisten Naturkäse werden aus sehr einfachen Zutaten hergestellt – Milch, Lab (Enzyme, die im Magen von Wiederkäuern hergestellt werden) und Salz. Natürliche Käsearomen und -texturen stammen hauptsächlich von verschiedenen Milch- und Labsorten. Nachdem die Molke vom Quark abgelassen wurde, wird sie zu Rädern geformt und gereift (in einigen Fällen von 60 Tagen bis zu drei Jahren), um den richtigen Geschmack zu erzielen.
Schmelzkäse enthält zwar Naturkäse, aber auch Molke, Käsekultur und andere Zusatzstoffe wie Natriumcitrat, Natriumphosphat und Sorbinsäure. Im Gegensatz zu vielen natürlichen Käsesorten enthält viel Schmelzkäse Annatto, um ihn orange zu färben. Die meisten Schmelzkäse wurden für eine lange Haltbarkeit entwickelt, sodass sie nach dem Emulgieren und Mischen sofort verpackt und versendet werden können. Obwohl er in mancher Hinsicht bequemer ist als Naturkäse, ist Schmelzkäse in der Regel auch teurer als gängige Sorten wie Cheddar und Schweizer.
