Verarbeiteter Mozzarella-Käse kann eingefroren werden und hält sich bis zu sechs Monate im Gefrierschrank. Mozzarella-Käse verliert beim Einfrieren Feuchtigkeit und entwickelt eine krümelige Textur. Aufgrund dieser Textur ist aufgetauter Mozzarella-Käse nur für Anwendungen geeignet, bei denen er geschmolzen wird.
Frischer Mozzarella-Käse gefriert nicht so gut wie verarbeitete Sorten und ist nicht zum Einfrieren geeignet. Aufgetauter Mozzarella kann in Rezepten, die Frischkäse erfordern, nicht ersetzt werden. Dies ist auf Unterschiede in Geschmack und Textur zurückzuführen. Fettarmer Mozzarella hat mehr Wasser als vollfette Sorten, was sich darauf auswirkt, wie viel Feuchtigkeit beim Einfrieren verloren geht und wie gut er beim Auftauen schmilzt.
