Eine Karotte ist eine Pfahlwurzel. Im Gegensatz zu faserigeren Wurzeln, die sich später im Lebenszyklus der Pflanze entwickeln, ist die Pfahlwurzel die erste Wurzel, die aus dem keimenden Samen, der Keimwurzel, hervorgeht. Bei den meisten Pflanzen stirbt die Keimwurzel ab und wird durch ein verzweigtes, sich ausbreitendes Wurzelsystem ersetzt.
Karotten können in Form und Größe variieren, aber die meisten Karotten haben eine konische Form. Die Pfahlwurzel selbst besteht aus äußeren Phloemzellen und inneren Xylemzellen. Das Phloem, auch Kortex genannt, ist der Ort, an dem Zucker von den Blättern in die Wurzeln transportiert wird. Das Xylem oder Kern transportiert Wasser und Mineralien vom Boden bis zu den Blättern. Die meisten Karotten wurden so ausgewählt, dass sie mehr Kortex als Kern haben, daher der süße Geschmack.