Der Mistel-Truppe von Muskogee, Oklahoma, wird zugeschrieben, dass sie 1917 die allererste Charge von Pfadfinderinnen-Keksen gebacken hat, und die Kekse wurden in einer High-School-Cafeteria gebacken. In der Anfangszeit übernahmen Truppenmitglieder und ihre Familien das Backen in der heimischen Küche. Im Jahr 1922 teilte die Leiterin der Chicagoer Pfadfinderinnen, Florence E. Neil, ein preiswertes Keksrezept in der Zeitschrift der Organisation. Das Rezept produzierte Dutzende von Keksen, die Truppen für 25 bis 30 Cent pro Dutzend verkauften.
1936 mussten die Truppenmitglieder keine Kekse mehr für den Verkauf selbst backen, da die Pfadfinderinnenorganisation eine professionelle Bäckerei lizenzierte, um alle Kekse herzustellen. In den 1940er Jahren expandierten kommerzielle Bäckereien, die an der Herstellung von Girl Scout-Keksen beteiligt waren. Beliebte Thin Mints debütierten 1939 als Cooky-Mints, und in den frühen 1950er Jahren hatte sich der Name in Chocolate Mints geändert. Shortbread Treefoils und Do-si-dos, ein Erdnussbutter-Sandwich-Keks, rundeten die Geschmacksoptionen der Organisation ab.
In den 1960er Jahren begannen Bäckereien, Girl Scout-Kekse mit Aluminiumfolie zu verpacken, um sie frischer zu halten. Die Zahl der kommerziellen Bäckereien, die an der Herstellung von Girl Scout-Keksen beteiligt sind, ist von 30 auf nur noch zwei gestiegen. Beide Bäckereien kreieren acht Geschmacksvarianten von Keksen, die ähnlich aussehen und schmecken. Die ursprünglichen drei Geschmacksrichtungen werden immer für Kunden hergestellt, gelegentlich wird eine neue Geschmacksrichtung wie Savannah Smiles eingeführt, die zu Ehren des ersten Mädchen-Pfadfinder-Truppentreffens hergestellt wurde.
