Einer der Hauptunterschiede zwischen Muscheln und Austern besteht darin, dass Muscheln ihr ganzes Leben lang beweglich sind und sich mit einem Fuß, der weit über ihre Schalen hinausragt, durch den Sand ziehen. Nach einem kurzen Larvenstadium zu Beginn des Lebens heften sich Austern an andere Austern oder Gesteine und verbringen ihr Leben an einem Ort.
Die anderen Unterschiede zwischen Muscheln und Austern sind geringfügige Unterschiede bei verwandten Muschelarten. Sowohl Muscheln als auch Austern werden als Weichtiere eingestuft, haben also ähnliche Anatomien. Während Muscheln und Austern zwei Schalen haben, sehen beide Schalen einer Muschel gleich aus. Eine der Schalen einer Auster ist schalenförmig, während die andere flach ist. Die glattere Textur von Muschelschalen hilft ihnen, sich durch den Sand zu graben. Während Austern eine Kieme haben, filtern die meisten Muscheln Nahrung und Wasser durch einen Siphon, der sich durch den Sand nach oben erstreckt. Obwohl beide in Brack- und Salzwasser leben können, leben viele Muschelarten in Süßwasser. Da Muscheln normalerweise in Sand und Sediment vergraben leben und Austern im offenen Wasser leben, ist ihre Ernährung etwas anders. Unterschiede in der Ernährung erklären Unterschiede im Geschmack, wenn die Schalentiere verzehrt werden. Auch ihr Fleisch hat unterschiedliche Farben und Texturen. Die meisten Muscheln haben eine rosa Farbe und sind zäh, während Austern dunkelgrau und weich sind.