Grüne Paprikaschoten, denen die richtige Menge an Kalzium fehlt, entwickeln schwarze, ledrige Flecken. Dieser Zustand wird als Blütenendfäule bezeichnet. Eine unzureichende Bewässerung verhindert, dass die Pflanze ausreichende Mengen an Kalzium aus dem Boden aufnimmt. Das Hinzufügen von zusätzlichem Kalzium zum Boden hilft nicht, wenn die Pflanze nicht genug Wasser erhält.
Während des Reifeprozesses weist Paprika eine Reihe von Farben auf. Wenn die schwarzen Stellen des Pfeffers weder ledrig noch weich und matschig sind, reift er lediglich zu einer anderen Farbe. Viele Paprikaschoten beginnen grün und werden schwarz, bevor sie zu rot oder gelb wechseln. Einige Paprikaschoten reifen zu einer violetten Farbe, die oft als schwarz bezeichnet wird.