Die Kerne in Nektarinengruben enthalten eine kleine Menge an cyanogenen Glykosiden, die der Körper in Cyanid verstoffwechselt. Die Menge ist jedoch so gering, dass eine Grube für einen Erwachsenen kaum gefährdet ist.
Viele Fruchtkerne enthalten normalerweise eine kleine Menge an cyanogenen Glykosiden und Nektarinen sind keine Ausnahme. Es ist jedoch unwahrscheinlich, dass die sehr geringe vorhandene Menge einem Erwachsenen durch versehentliche Einnahme Schaden zufügt. Tatsächlich werden kleine Mengen dieser Kerne manchmal als Aromastoffe verwendet, um andere Lebensmittel zu verbessern. Bei Kindern und Haustieren ist mehr Vorsicht geboten, da sie eine geringere Toxizitätsresistenz aufweisen, obwohl der bittere Geschmack eine gezielte Einnahme unwahrscheinlicher macht.
