Die Garzeiten für Mini-Muffins können mit insgesamt nur 10 bis 15 Minuten drastisch kürzer sein, und Bäcker sollten vorsichtig sein, um ein Überkochen zu vermeiden. Die genaue Backzeit für Mini-Muffins hängt vom Rezept ab und Ofentemperatur, aber im Allgemeinen sollten diese kleineren Muffins kürzer gebacken werden als Muffins in voller Größe, um ein Anbrennen, Austrocknen oder andere unerwünschte Effekte durch zu lange Zeit im Ofen zu vermeiden. Die Rezepte sollten genau befolgt werden, um zu vermeiden, dass die Mini-Muffin-Charge ruiniert wird, und wenn der Bäcker sich dafür entscheidet, Mini-Muffins aus einem Muffin-Rezept in Originalgröße herzustellen, sollte der Bäcker die Muffins beim Backen genau im Auge behalten.
Wenn keine genaue Backzeit für Mini-Muffins verfügbar ist und der Bäcker nach einem Rezept für Muffins in Originalgröße arbeitet, kann er oder sie einen detaillierteren Ansatz wählen, indem er herausfinden, wie viel kleiner die Mini-Muffins als die vollen sind - Muffins in der im Rezept angegebenen Größe und Verkürzung der Backzeit entsprechend. Wer in Mathe nicht so gut ist, kann die Mini-Muffins einfach bei einer etwas niedrigeren Temperatur als die normalen Muffins in den Ofen schieben und nach fünf Minuten nachsehen. Wenn die Muffins aufgebläht und braun werden, können sie herausgenommen und mit einem Zahnstocher auf ihren Garzustand geprüft werden.