Etwa 100 Pflanzen- und Kräuterarten enthalten Koffein. Koffein kommt seltener in Früchten vor, aber die Kolanuss enthält Koffein, ebenso wie die Samen der Früchte der Guarana-Pflanze und des Kakaobaums .
Guarana-Pflanzen produzieren kleine Früchte, deren Samen eine höhere Koffeinkonzentration aufweisen als Kaffeebohnen. Einige Arten der Kaffeepflanze produzieren essbare rote und violette Früchte, die Kirschen genannt werden. Diese Kirschen enthalten koffeinhaltige Samen. Zitronen-, Grapefruit- und Orangenpflanzen enthalten Koffein in ihren Blättern und Blüten, aber nicht in den Früchten selbst.
Die meisten Früchte, die von Blütenpflanzen stammen, enthalten kein Koffein. Natürlich vorkommendes Koffein, das in Pflanzen und Samen vorkommt, wirkt oft als Abwehrmechanismus, um Pflanzenfresser davon abzuhalten, die Pflanze zu essen.
