Zu den Vorteilen gentechnisch veränderter Lebensmittel gehören laut Health Research Funding eine bessere Gesamtqualität und ein besserer Geschmack des Lebensmittels, eine höhere Widerstandsfähigkeit gegen Krankheiten und mehr Ernährungsvorteile. Einige Nachteile von GVO-Lebensmitteln sind Umweltschäden, keine wirtschaftlichen Vorteile und eine Zunahme von Allergien.
Bei der Modifizierung von Lebensmitteln ist es möglich, die Aromen zu verstärken, sie besser schmecken zu lassen oder die Süße oder Schärfe zu intensivieren. Genetische Veränderungen von Pflanzen und Tieren können zu Krankheitsresistenzen führen. Es ist möglich, GVO-Lebensmitteln Vitamine und Mineralstoffe zuzusetzen, wodurch der Nährwert des Lebensmittels erhöht wird. Dies ist für bestimmte Menschen von Vorteil, beispielsweise für Menschen in Entwicklungsländern, die auf andere Weise keinen Zugang zu Nährstoffen haben.
GVO-Kreuzung und der Anbau von Pflanzen und Tieren unter Bedingungen, die diese Arten normalerweise nicht ernähren könnten, können der Umwelt Schaden zufügen. Beispielsweise können Unkräuter, die sich mit GVO-Pflanzen kreuzen, gegen Herbizide resistent werden. Innerhalb von 12 Jahren sprühten die Landwirte zusätzlich 383 Millionen Pfund Herbizid auf GVO-Pflanzen. GVO-Lebensmittel wachsen nicht schneller als unmodifizierte Lebensmittel, sodass der Anbau dieser Lebensmittel keinen wirtschaftlichen Vorteil bietet. Mehrere Studien zeigen, dass die Aufnahme von GVO-Lebensmitteln das Risiko allergischer Reaktionen durch Lebensmittel erhöht. Ab 2016 ist unklar, ob der Konsum von GVO langfristige Folgen hat.
Gleichzeitig entstehen durch die Produktion von GVO weniger Treibhausgasemissionen und weniger Bodenerosion. GVO-Tiere und Pflanzen benötigen weniger Land, Maschinen, Chemikalien und Zeit.
Durch die Modifikation von Lebensmitteln schmecken Produkte oft besser und führen zu einem höheren Nährwert. Die Produkte werden verbessert und die Produkte werden würziger, süßer oder würziger. Insbesondere in Ländern mit eingeschränktem Zugang zu nahrhaften Lebensmitteln können durch genetische Veränderungen wichtige Nährstoffe zur Unterstützung der Gesundheit hinzugefügt werden.
Unter Berufung auf Bedenken aus Tierversuchen ermutigt die American Academy of Environmental Medicine Ärzte, Patienten zu einer gentechnikfreien Ernährung zu raten. Nebenwirkungen bei Tieren sind Unfruchtbarkeit, Magen-Darm- und Immunsystemstörungen, schnelles Altern und Organschäden.