Shiitake-Pilze und Kombu-Algen sind traditionelle japanische Ersatzstoffe für Bonitoflocken. Diese Zutaten werden häufig verwendet, um vegetarische Versionen von Brühen und Saucen zu würzen, die normalerweise getrocknete Bonitoflocken enthalten würden.
Während Bonitoflocken am häufigsten zum Würzen von Brühen und Saucen verwendet werden, finden sie auch andere Verwendungen in der japanischen Küche. Sie können als Gewürz über Lebensmittel gestreut oder als Füllung in Reisbällchen verwendet werden. Bonito wird manchmal auch selbst als Ersatz verwendet und ersetzt teureren Fisch wie Bonito. In einigen Ländern wird Bonito sogar als Thunfischkonserven verkauft.