Babka-Brot kann von osteuropäischen Juden stammen oder ein entfernter Verwandter des italienischen Pannetons sein. Die genauen Ursprünge von Babka-Brot sind unbekannt.
Babka-Brot stammt möglicherweise aus Polen oder der Ukraine. Eine Theorie besagt, dass es als Teil des matriarchalen Systems Teil eines alten Fruchtbarkeitsrituals war. Besonders beliebt ist diese Art von gerolltem, gefülltem Brot in Russland, Weißrussland, dem Baltikum, Polen und der Ukraine. Der Name "babka" ist verwandt mit "babcia", dem slawischen Wort für Großmutter. Eine Theorie besagt, dass die traditionelle polnische Pfanne zum Backen von Babka den Falten am Rock einer alten Frau ähnelt. Eine andere Theorie über den Namen besagt, dass Großmütter die Hauptbäcker des Gerichts waren.
Eine andere Theorie besagt, dass Babka eigentlich aus Italien stammt, wo es als "russifizierte" Version von italienischem Pannetone-Brot angesehen wird. Möglicherweise brachte Königin Bona Sforza die Tradition im 16. Jahrhundert mit nach Polen. Die Idee, dass Babka aus Italien stammt, wird durch die Einbeziehung von Schokolade in einigen Versionen unterstützt. Juden wurden in Italien zu Chocolatiers und brachten die Tradition mit, als sie im 15. Jahrhundert vor der spanischen Inquisition flohen.
Babka war früher viel größer als die aktuelle Version. Im frühen 19. Jahrhundert begannen polnische Bäcker, Eier-Challah-Teig zu verwenden, um einen Dessertaufstrich mit Marmelade, Zimt oder Rosinen herzustellen, der die Grundlage des modernen Babka-Brots bildete.