Mit Chipotle können Kunden online Bestellungen zur Abholung aufgeben. Benutzer melden sich an oder erstellen ein Konto und klicken auf die Schaltfläche Jetzt bestellen. Chipotle enthält auch ein Fax-Bestellformular und die Möglichkeit zur Online-Gruppenbestellung, und für Mobiltelefonbenutzer bietet die Chipotle-App Bestelloptionen.
Die Bestellseite enthält die Vorspeisenoptionen, die die Benutzer durch die Auswahl von Fleisch, Reissorte, Bohnen und Belägen anpassen können. Auf der Seite erscheinen auch Beilagen und Getränke. Die Nutzer entscheiden sich dafür, im Geschäft oder online mit einer Kreditkarte oder Geschenkkarte zu bezahlen. Im Laden gehen Kunden, die ihre Bestellungen online aufgegeben haben, direkt zur Abholkasse.
