Abgefüllter Zitronensaft oder Zitronensaftkonzentrat ist bei Lagerung im Kühlschrank 6 bis 9 Monate haltbar. Frisch gepresster Zitronensaft hat eine deutlich kürzere Haltbarkeit von 2 bis 3 Tagen bei Lagerung im der Kühlschrank.
Zitronensaft kann auch bis zu einem Jahr im Gefrierschrank aufbewahrt werden. Eine Möglichkeit, Zitronensaft aufzubewahren, besteht darin, den Saft in eine Eiswürfelschale zu geben, ihn vollständig einfrieren zu lassen und die Würfel dann in einem luftdichten Behälter in den Gefrierschrank zu legen. Zitronensaft, der schlecht riecht oder eine seltsame Farbe hat, sollte nicht konsumiert werden.