Frucht zersetzt sich, weil Bakterien, Pilze und andere Mikroorganismen in die Frucht eindringen und Enzyme absondern, die die Fäulnis verursachen. Beschleunigung des Fäulnisprozesses zusammen mit Enzymen, die natürlicherweise in der Frucht vorkommen, der Erfolg dieser Organismen und Enzyme wird auch durch Umweltfaktoren wie Sauerstoff und Wasser beeinflusst.
Damit Früchte überhaupt verderben, müssen Bakterien oder Pilze vorhanden sein. Die Früchte, die am schnellsten zu verderben beginnen, werden normalerweise an der Oberfläche so beschädigt, dass sie für die Mikroben leicht zugänglich sind. Der Sauerstoff in der Luft beschleunigt auch den Verderb, indem er die Früchte oxidiert und eine nährende Umgebung für die Mikroorganismen schafft. Auch Wasser ist essenziell für den Erfolg der Organismen und da Früchte zu einem großen Anteil aus Wasser bestehen, wird das Bakterien- und Pilzwachstum noch weiter gefördert.
Der erste Organismus, der typischerweise eine Frucht befällt, sind Pilze, da sie besser in der Lage sind, die Zellwand der Pflanze zu zerstören. Sobald dies geschieht, beginnen die sezernierten Enzyme, die Frucht zu verrotten, was sie als Wirt für Bakterienpopulationen günstiger macht, was die Verrottungsrate weiter erhöht. Einige Umgebungen, die Fruchtfäule verhindern können, sind die typischen für die Konservierung von Lebensmitteln, wie das Einlegen in sauren Lösungen oder das Kandieren in Zucker.
