Eine der Hauptauswirkungen des Baumwoll-Gin auf die Sklaverei war der gestiegene Bedarf an Sklaven, um mit der mit seiner Erfindung einhergehenden Rentabilität Schritt zu halten. Vor der Erfindung des Gins galt Baumwolle nicht als gewinnbringende Ernte.
Da das Entfernen der Samen aus der Baumwolle nach der Ernte eine mühsame Aufgabe war, war es schwierig, Baumwolle schnell zu produzieren, und die Ernte brachte selten Geld ein.
Mit der Erfindung von Eli Whitney konnten Baumwollflusen schnell und effizient mit bis zu 50 Pfund pro Tag hergestellt werden. Plantagenbesitzer stellten fest, dass sie mehr Sklaven auf dem Feld brauchten, um die gesteigerten Fähigkeiten des Gins zu erfüllen. Während der Betrieb des Gins weitaus weniger schmerzhaft war, führte die gestiegene Nachfrage nach Sklaven dazu, dass die Sklaverei von rund 700.000 Sklaven in den Jahren vor seiner Erfindung auf fast das Doppelte in den nächsten zwei Jahrzehnten stieg. Jede Hoffnung, die Abolitionisten auf eine Reduzierung oder Beendigung der Sklaverei hatten, endete mit dieser Maschine.
Zu den weiteren negativen Aspekten gehörte die Zucht von Sklaven, um den Anforderungen des wiederbelebten Sklavenmarktes gerecht zu werden. Familien wurden oft getrennt, da Kinder speziell als marktfähiges Produkt geboren und schließlich an andere Plantagen verkauft wurden, um den erhöhten Bedarf zu decken. Die zunehmende Größe der Plantagen führte auch oft zu noch schlechteren Arbeits- und Lebensbedingungen.