Ein ungeschnittener, frisch gebackener Pekannusskuchen kann vor dem Servieren zwei Stunden bei Raumtemperatur aufbewahrt werden. Wenn der Pekannusskuchen gekühlt wird, ist er bis zu vier Tage haltbar.
Der Pekannusskuchen muss nach dem Schneiden oder wenn er länger als zwei Stunden nach der Zubereitung serviert werden soll, gekühlt werden. Der Feuchtigkeitsgehalt in der Pastete sowie der Proteingehalt der Zutaten können zu einer schnellen Vermehrung von Bakterien führen, wenn die Pastete bei Raumtemperatur stehengelassen wird.
Ein Pekannusskuchen kann bis zu zwei Monate im Gefrierschrank aufbewahrt werden. Der Kuchen sollte vor dem Einfrieren in einem robusten Gefrierbeutel aufbewahrt oder in Gefrierfolie oder Aluminiumfolie eingewickelt werden.