Der letzte Fanny Farmer-Laden wurde Anfang der 2000er geschlossen. Die Kette wurde 1919 von Frank O'Connor, einem kanadischen Geschäftsmann und Gründer der Laura Secord Candy Shops in Toronto, gegründet. Der erste Farmer Store wurde in Rochester, New York, eröffnet.
Der Name des Unternehmens wurde vom Gründer der Boston Cooking School, Fannie Farmer, abgeleitet. Das Unternehmen wuchs auf über 400 Filialen an. Einige der meistverkauften Produkte waren Buttercremes, Ahorn-Walnuss-Bonbons, Parfait-Riegel, Mandelrinde und Orangencremes. Fanny Farmer hat sich während der Weltwirtschaftskrise gut geschlagen. Während des Zweiten Weltkriegs ermöglichte die Rationierung in den Vereinigten Staaten dem Unternehmen, viele seiner Produkte an Soldaten in Übersee zu senden.
Im Jahr 1962 übernahm eine Gruppe von Investoren aus New York und Neuengland die Kontrolle, und Fanny Farmer wuchs leicht. Russell Stover, ein weiterer Süßwarenhersteller, kaufte Farmer 1965. Die Rochester-Fabrik und ihr Flagship-Store in der Stadt wurden innerhalb von zwei Jahren geschlossen.
1984 kaufte Chocamerican, eine amerikanische Holdinggesellschaft für ein französisches Unternehmen, Fanny Farmer. Zu diesem Zeitpunkt waren rund 250 Geschäfte entlang der Ostküste, im Mittleren Westen und in Florida verstreut. Chocamerican verkaufte 1992 die verbleibenden Geschäfte – etwa 200 – an die Archibald Candy Corporation. Für dieses Jahr wurde ein Umsatz von 40 Millionen US-Dollar für Fannie Farmer erwartet.