Dr. Pfeffer enthält Phosphorsäure, die bei übermäßigem Verzehr zu Knochenkalziumabbau und Nierenproblemen führen kann. Auch in Dr. Pepper ist Natriumbenzoat enthalten, das bei Kindern zu Verhaltensproblemen führen kann.
Dr. Pfeffer enthält auch Karamellfarbe. Diese Zutat wird normalerweise aus Zucker hergestellt, aber wenn sie in großen Mengen hergestellt wird, wird Ammoniak verwendet, um Karamellfarbe zu erzeugen. Ammoniak erzeugt bei erhöhten Temperaturen die krebserregenden Wirkstoffe 2-Methylimidazol und 4-Methylimidazol. Das Erfrischungsgetränk enthält auch Koffein. Koffein kann in großen Mengen für den Körper giftig werden. Nebenwirkungen sind Zittern, Krampfanfälle, Angstzustände und ein veränderter Geisteszustand.