1980 fusionierte Clarksville Natural Grocery mit Safer Way Natural Foods aus Austin, Texas, um zum Whole Foods Market zu werden. Eine Flut im folgenden Jahr beschädigte den Laden, das Inventar und die Ausrüstung schwer.
Die anfängliche Expansion von Whole Foods erfolgte durch die Fusion und den Erwerb anderer Geschäfte und Unternehmen. Die ersten Whole Foods Markets außerhalb von Austin waren in Houston und Dallas. 1988 erwarb Whole Foods Market die Whole Food Company aus New Orleans, seine erste Expansion über Texas hinaus. In den 1990er und frühen 2000er Jahren erwarb das Unternehmen weiterhin Naturkostläden und baute neue. Ab 2015 betreibt Whole Foods über 420 Geschäfte in den USA, Kanada und Großbritannien.
