Käsekuchen muss gekühlt werden, da er schnell verderbende Zutaten wie Eier und Frischkäse enthält. Käsekuchen enthält oft andere Milchprodukte wie Sauerrahm oder Milch, die bei unsachgemäßer Lagerung ebenfalls verderben. Käsekuchen nach dem Servieren immer wieder in den Kühlschrank stellen.
In der Regel hält sich ein frisch zubereiteter oder verpackter Käsekuchen im Kühlschrank sechs bis sieben Tage. Käsekuchen hält sich jedoch bis zu sieben Monate im Gefrierschrank. Käsekuchen muss im Kühlschrank gut abgedeckt werden, da Feuchtigkeit und andere Verunreinigungen die Haltbarkeit des Kuchens erheblich verkürzen können.
