Zu den negativen Auswirkungen der Kreuzzüge gehörten die wiederholten Niederlagen der christlichen Armeen, das Abschlachten von Unschuldigen und die Plünderung von Konstantinopel. Die Zerstörung von Konstantinopel zerstörte jede Hoffnung, das Ost-West-Schisma im Christentum zu beheben, und dieses Ereignis machte das Byzantinische Reich anfällig für das Osmanische Reich.
Massaker während des Ersten Kreuzzugs ereigneten sich, als Graf Emicho während des Ersten Kreuzzugs von 1096 eine Kampagne führte, die zur Ermordung unschuldiger Juden im ganzen Rheinland führte. Dies führte zu angespannten Beziehungen zwischen Juden und Christen. Auch christliche Armeen schlachteten zu Hunderten Männer, Frauen und Kinder auf ihrem Weg zur Eroberung Jerusalems ab.
Christliche Armeen erlitten während der Kreuzzüge zahlreiche Niederlagen. Zum Beispiel wurden die Armeen von König Ludwig VII. von Frankreich und König Konrad III. von Deutschland während des Zweiten Kreuzzugs durch muslimische Armeen in Damaskus besiegt. Die Kreuzfahrer, die Jerusalem besetzten, wurden vom muslimischen Herrscher Saladin erobert, was den dritten Kreuzzug auslöste.
Die Plünderung Konstantinopels ereignete sich während des Vierten Kreuzzugs. Papst Innozenz III. stürzte Alex III. von Byzanz zugunsten seines Neffen, der später Alexius IV. werden sollte. Alexios' Versuch, die römische Autorität über Byzantiner aufzuerlegen, stieß auf Widerstand und wurde anschließend getötet. Die Kreuzfahrer erklärten Konstantinopel den Krieg, was zur Eroberung und Plünderung der Stadt führte. Auch Kirchen wurden geplündert und viele Menschen getötet.
