Die vorherrschende Religion der Neuengland-Kolonien war das Christentum, aber auf deutliche Weise anders als die Anglikanische Kirche (oder Church of England), aus der die Siedler geflohen waren. Die puritanische Herangehensweise an das Christentum bestand in Distanz ihre Praktiken vom Katholizismus, eine Aufgabe, an der sie den Anglikanismus für gescheitert hielten. Insbesondere lehnten sie die episkopalische (hierarchische) Struktur der Anglikanischen Kirche mit ihrer Rangfolge von Vikaren, Bischöfen und Erzbischöfen ab und versuchten stattdessen, eine kongregationalistische Struktur einzuführen, in der jede Kirche oder Gemeinde mehr oder weniger unabhängig und selbstverwaltet sein sollte .
Diese kongregationalistische Struktur ermöglichte es den Kirchen, ihre eigenen Steuern zu regeln und ihre eigenen Pfarrer einzustellen und zu entlassen. Sie waren auch sehr wählerisch bei ihrer Mitgliedschaft, obwohl der Kirchenbesuch obligatorisch war. Die hohen Standards der puritanischen Kirche erschwerten ihr Überleben über Generationen hinweg, und Kirchenführer waren gezwungen, ihre Anforderungen mit dem "Halben Bund" im Jahr 1662 zu mildern. Dies ermöglichte getauften Kindern, die sich weigerten, Zeugnis abzulegen, eine Teilmitgliedschaft , aber nicht Heiligkeit, die ihnen erlaubt hätte, über kirchliche Angelegenheiten abzustimmen und die Kommunion zu empfangen.
Die religiös idealistischen Puritaner wurden auch als Nicht-Separatisten bezeichnet, um sie von der extremeren, wenn auch viel kleineren Gruppe von Kirchenreformern, den Separatisten, zu unterscheiden. Diese Gruppe, vielleicht besser bekannt als die Pilgrims of the Plymouth Colony, war vor den Puritanern angekommen und suchte einen weitaus extremeren Bruch mit den Traditionen der anglikanischen Kirche.
