Die Nachteile von Lebensmittelzusatzstoffen bestehen darin, dass sie allergische Reaktionen und andere schwerwiegende Gesundheitsprobleme verursachen können. Lebensmittelzusatzstoffe werden normalerweise auf dem Zutatenetikett eines Produkts aufgeführt, ihre Funktion wird jedoch selten offenbart.
Eine türkische Studie aus dem Jahr 2012 ergab, dass sich in den letzten 20 Jahren allergische Reaktionen auf Lebensmittelzusatzstoffe vermehrt haben. Die Symptome dieser Allergien sind Hautreizungen, Darmbeschwerden und Atembeschwerden. Die meisten dieser Symptome sind jedoch geringfügig und werden nicht gemeldet. Die häufigsten Zusatzstoffe, die allergische Reaktionen auslösen, sind Mononatriumglutamatsulfite, Lebensmittelfarben und künstliche Süßstoffe.
Eine in der Ausgabe des medizinischen Journals Annals of Allergy von 1994 veröffentlichte Studie zeigte einen wesentlichen Zusammenhang zwischen ADHS und dem Konsum von künstlichen Farb- und Konservierungsmitteln. Einige Chemikalien, die mit Hyperaktivität in Verbindung gebracht werden, sind Natriumbenzoat, roter Lebensmittelfarbstoff und verschiedene gelbe Lebensmittelfarbstoffe.
Aspartam, Saccharin, Nitrite und Benzoat sind Lebensmittelzusatzstoffe, die in Tierversuchen mit Krebs in Verbindung gebracht wurden, weil sie während des Metabolisierungsprozesses krebserregende Verbindungen erzeugen, wie vom Zentrum für Wissenschaft im öffentlichen Interesse angegeben. Im Gegensatz dazu erklärt die Food and Drug Administration, dass es keine Rechtfertigung dafür gibt, diese potenziell schädlichen Chemikalien aus Lebensmitteln zu entfernen, da keine Humanforschung durchgeführt wurde.