Es ist üblich, dass Jalapeños während des Wachstums schwarz werden. Die Farbe des Pfeffers ändert sich, je länger er an der Pflanze bleibt.
Jalapeño-Paprikaschoten variieren in Größe, Textur, Geschmack und Farbe. Die meisten Jalapeños werden geerntet, wenn sie hellgrün sind. Bleiben sie jedoch auf der Pflanze, ändert sich die Farbe weiter. Die hellgrüne Farbe beginnt langsam dunkler zu werden, bis sie schwarz wird. Die schwarze Farbe signalisiert die letzte Phase der Transformation des Jalapeño-Pfeffers. Rote Jalapeño-Paprikaschoten sind in der Regel süßer und nicht so scharf wie die traditionelle grüne Paprika.