Apfelmus muss nach dem Öffnen gekühlt und innerhalb von sieben bis 10 Tagen verzehrt werden. Tree Top und Mott's drucken zusammen mit den meisten anderen Apfelmusherstellern Verfallsdaten auf ihre Apfelmusbehälter. Es wird nicht empfohlen, abgelaufenes Apfelmus zu essen.
Während kommerzielle Apfelmushersteller ihre Produkte pasteurisieren, um die Wahrscheinlichkeit von Bakterienwachstum oder anderen pathogenen Aktivitäten zu verringern, unterliegen die Verbindungen in Äpfeln der Oxidation. Wenn Sauerstoff vorhanden ist, reagieren Polyphenoloxidase-Enzyme im Apfelgewebe mit phenolischen Verbindungen, um braun gefärbte Sekundärprodukte zu erzeugen.
Versiegelte Behälter begrenzen die vorhandene Sauerstoffmenge, die zu Bräunung und anderen Oxidationseffekten führen kann, aber sie können sie nicht vollständig eliminieren. Das Erhitzen während des Pasteurisierungsprozesses verlangsamt auch die enzymatische Aktivität. Dennoch laufen die chemischen Reaktionen unweigerlich weiter und die Qualität des Produkts verändert sich dabei. Mott's gibt an, dass sein Einzelportionsbehälter ungeöffnet sechs bis 12 Monate lang haltbar ist. Tree Top variiert das auf den Behältern aufgedruckte Verfallsdatum je nach Behältergröße.
