Die königlichen Kolonien wurden von der englischen Monarchie über einen von der Monarchie ernannten königlichen Gouverneur sowie einen königlichen Rat regiert. Der Gouverneur und der Rat wurden von niedrigeren Räten unterstützt, die sie beaufsichtigten.
Viele königliche Kolonien wurden nicht auf diese Weise regiert. Stattdessen waren sie oft Eigentum oder Joint Ventures, die von der englischen Monarchie mit Urkunden ausgestattet wurden. Als diese Urkunden jedoch entweder ihr Zeitlimit erreichten oder von der Monarchie widerrufen wurden, wurden die Kolonien in königliche Kolonien umgewandelt. Kolonisten waren besorgt über die Instabilität ihrer Regierung, da Eigengouverneure wechseln oder sogar von Kolonisten abgesetzt werden konnten, bevor die Umwandlung in königliche Kolonien noch mehr Veränderungen mit sich brachte.
Der Gouverneur einer königlichen Kolonie wurde vom König ernannt und führte die Wünsche des Königs und nicht die eigenen Wünsche des Gouverneurs aus. Die königlichen Weisungen nahmen zwei Formen an: eine allgemeine Kommission, die bei der Ernennung des Gouverneurs laut vorgelesen wurde, im Wesentlichen öffentlich bekannt war, und besondere Weisungen, die normalerweise nur vom Gouverneur selbst gelesen wurden.
Innerhalb der Kolonien war der Gouverneur die höchste Justizbehörde, die von der Monarchie ermutigt wurde, sein Vetorecht zu nutzen, um britische Interessen nach Möglichkeit durchzusetzen. Der Gouverneur, sein königlicher Rat und andere offizielle Mitglieder der königlichen Kolonieregierung wurden in der Regel aufgrund ihrer sozialen und politischen Verbindungen ausgewählt und nicht aufgrund ihrer Erfahrung oder Fähigkeit, andere zu regieren.