Eichhörnchen schützen sich, indem sie rennen, sich verstecken und kämpfen. Kämpfen wie Kratzen und Beißen ist für Eichhörnchen normalerweise eine letzte Anstrengung. Laufen und sich selbst tarnen sind ihre ersten Instinkte, wenn sie einer möglichen Gefahr ausgesetzt sind.
Laut Welcome Wildlife laufen und schwimmen Eichhörnchen sogar, wenn sie Verfolgern ausweichen. Zu anderen Zeiten bleiben sie vollkommen bewegungslos und tarnen sich gegen die Rinde der Bäume. Eichhörnchen halten auch gerne Gegenstände wie Baumstämme zwischen sich und Gefahr. Da Bäume für ihre natürliche Abwehr so wichtig sind, jagen Eichhörnchen und bauen darin Nester.
Einige Eichhörnchenarten sind aggressiver als andere. Zum Beispiel sind die Eichhörnchen von Minnesota wahrscheinlicher, Angreifer abzuwehren, wenn sie müssen. Dieses aggressive Verhalten erstreckt sich auch auf andere Eichhörnchen derselben Art. Sie sind äußerst territorial und jedes Eichhörnchen hat seinen eigenen oder zwei Hektar Platz.
Das kalifornische Erdhörnchen hingegen hat durch Evolution und Anpassung spezifische Schutztechniken entwickelt. Diese Art ist immun gegen das Gift der Nordpazifik-Klapperschlange, ihrem Nachbarn und natürlichen Feind. Diese Art signalisiert auch mit ihrem Schwanz, der als Schwanzflagge bezeichnet wird, um die Schlange zu warnen und der Schlange mitzuteilen, dass sie weiß, dass die Schlange da ist.
