Das Ende der Inka-Zivilisation und ihrer endgültigen Herrschaftsgewalt kam mit der Eroberung der Rebellen-Inka-Hochburg Vilcabamba durch die Spanier und der Hinrichtung des letzten Inka-Herrschers, Tupac Amaru, im Jahr 1572. Die Eroberung des Inka-Reiches by die Spanier begannen 40 Jahre zuvor mit der Hinrichtung des souveränen Kaisers der Inka, Atahualpa, durch den Konquistador Francisco Pizarro im Jahr 1532. Die Spanier stellten als nächstes eine Marionettenregierung der Inka auf, um ihnen bei der Kontrolle ihres neu erworbenen Territoriums zu helfen, aber 1536 begann eine Rebellion und dauerte bis 1572 bis zur Eroberung und Plünderung von Vilcabamba durch den spanischen Vizekönig von Peru, Francisco Toledo.
Die spanische Eroberung des Inka-Reiches brachte den Ureinwohnern der Region katastrophale Langzeitergebnisse. Die indigene Bevölkerung in den Gebieten, die früher zum Inkareich gehörten, erlitt einen Rückgang, der traditionell auf etwa 50 Prozent geschätzt wird. Die Kolonialherrschaft brachte Ausbeutung, Zwangsarbeit, Kulturverlust und Zwangsumsiedlungen mit sich.
Die meisten indigenen Todesfälle ereigneten sich aufgrund der europäischen Infektionskrankheiten, die die spanischen Konquistadoren und Kolonisten unwissentlich mit sich brachten. Mangels einer erworbenen Immunität gegen europäische Krankheiten wie Masern und Pocken starben die Ureinwohner durch die neu eingeschleppten Krankheiten mehr als durch die bewaffneten Konflikte nach der Ankunft der Konquistadoren. Eine Studie aus dem Jahr 1981 deutete an, dass die kollektiven Epidemienwellen bis 1591 die indigene Bevölkerung in der Andenregion ab dem Zeitpunkt des ersten Kontakts mit Europäern um bis zu 93 Prozent reduziert haben könnten.
