Der Kommandant der konföderierten Armee war General Robert E. Lee. Lee wurde ursprünglich von Präsident Lincoln das Kommando über die Unionsarmee angeboten, aber er lehnte das Angebot ab, weil er nicht gegen seine Landsleute aus Virginia kämpfen wollte.
General Robert E. Lee war ein Militäroffizier auf Lebenszeit. Er besuchte die United States Military Academy in West Point und schloss sein Studium als Zweiter in seiner Klasse ab. Nachdem er das Angebot von Präsident Lincoln, die Unionsarmee zu führen, abgelehnt hatte, trat Lee der neu gegründeten konföderierten Armee bei, als Virginia sich von den Vereinigten Staaten trennte. Er versuchte mehrmals, in den Norden einzudringen, war aber letztendlich erfolglos. 1865 ergab sich Lee im Appomattox Courthouse vor General Ulysses S. Grant, um den Bürgerkrieg zu beenden.