Während des Bürgerkriegs beschäftigte Lincoln vier kommandierende Generäle der Unionsarmee: Winfield Scott, George McClellan, Henry Halleck und Ulysses S. Grant. Präsident Lincoln war in den frühen Jahren bekanntermaßen an der Führung der Union verzweifelt Teil des Krieges, bis Grants Ernennung zum Posten und die nachfolgenden Siege.
Winfield Scott kommandierte die Unionsarmeen bei Kriegsausbruch und mahnte eher zur Vorsicht als zu einem überstürzten Angriff auf Virginia. Als Lincoln seinen Plan widerrief und der Angriff fehlschlug, trat Scott zurück. Lincoln ernannte dann George McClellan, dessen größter Fehler darin bestand, die Konföderierten zu überschätzen und sich zu weigerten, zu handeln, bis er sich richtig versorgt und verstärkt fühlte. Lincoln ersetzte ihn durch Henry Halleck, nur um festzustellen, dass Halleck seine Generäle schlecht verwaltete. Erst nach der Ernennung von Ulysses S. Grant nach seinen Siegen im Westen fand die Union einen fähigen General-in-Chief.
