Der berühmteste Anführer des konföderierten Militärs war Robert Edward Lee, der am 1. Juni 1862 die konföderierte Armee von Nord-Virginia befehligte. Er wurde am 31. Januar 1865 Oberbefehlshaber aller konföderierten Streitkräfte. kapitulierte bald am 29. März 1865 dem Unionsgeneral Ulysses S. Grant.
General Thomas Jonathan Jackson, bekannt als Stonewall Jackson, war für den Sieg während der ersten Schlacht von Bull Run, Antietam, Fredericksburg und Harpers Ferry verantwortlich. Er starb während der Schlacht von Chancellorsville am 2. Mai 1863. Samuel Cooper, Joseph E. Johnston und Nathan Bedford Forrest, die später den Ku-Klux-Klan gründeten, waren ebenfalls Anführer des konföderierten Militärs.
