Pflanzen- und Tierzellen haben mehrere strukturelle Gemeinsamkeiten, wie zum Beispiel in Membranen gebundene Organellen und ähnliche Elemente des Zytoskeletts. Sie enthalten auch ähnliche Membranen und Eigenschaften wie Kerne, Lysosomen und Peroxisomen.
Eine weitere große Ähnlichkeit zwischen Pflanzen- und Tierzellen besteht darin, dass es sich bei beiden um eukaryotische Zellen handelt. Eukaryontische Zellen sind komplex und haben Methoden entwickelt, um verschiedenen Teilen der Zelle verschiedene Funktionen zuzuordnen. Scitable besagt, dass Organellen Zellkompartimente sind, die in eukaryontischen Zellen unterschiedliche Rollen erfüllen. Die Mitochondrien-Organelle verwendet Nahrungsmoleküle, um Energie zu produzieren. Das endoplasmatische Retikulum transportiert Proteine und hilft bei der Bildung von Membranen. Lysosomen recyceln andere Organellen sowie Makromoleküle.
Der Zellkern einer Pflanzen- oder Tierzelle ist vergleichbar mit dem Gehirn der Zelle. Scitable gibt an, dass der Kern vielleicht die wichtigste aller eukaryotischen Organellen ist. Das Vorhandensein eines membrangebundenen Kerns ist laut About.com eigentlich die Definition einer eukaryotischen Zelle. Der Kern enthält den Großteil des genetischen Materials einer Pflanzen- oder Tierzelle und organisiert diese Informationen in DNA-Molekülen. Der Kern bildet auch Chromosomen. Der Zellkern fungiert auch als Kontrollzentrum einer Pflanzen- oder Tierzelle und reguliert alle ihre Aktivitäten.