Ein Bratapfelkuchen kann bis zu zwei Tage ungekühlt und bei Raumtemperatur gelagert werden. Nachdem der Kuchen angeschnitten wurde, sollte er mit Folie oder Plastikfolie abgedeckt werden. Ein ungebackener Apfelkuchen muss im Kühlschrank aufbewahrt oder eingefroren werden.
Damit ein Bratapfelkuchen länger haltbar ist, kann er weitere zwei bis drei Tage im Kühlschrank aufbewahrt oder eingefroren werden. Wenn er gefroren ist, verliert der Kuchen nach etwa vier Monaten an Qualität. Ein ungebackener Apfelkuchen hat die gleiche Haltbarkeit im Gefrierschrank wie ein gebackener Apfelkuchen. Ein gefrorener ungebackener Apfelkuchen sollte jedoch ohne vorheriges Auftauen gebacken werden, und ein gefrorener gebackener Apfelkuchen sollte zum Auftauen in den Kühlschrank gestellt werden.