Atmung, bei der Energie aus Kohlenhydraten für den Stoffwechselbedarf freigesetzt wird, findet in Pflanzen durch einen Prozess statt, der in einer Wortgleichung ausgedrückt werden kann als: Glukose + Sauerstoff = Energie + Kohlendioxid + Wasser. Die chemische Gleichung für diesen Prozess kann wie folgt ausgedrückt werden: C6H12O6 + 6O2 = Energie + 6CO2 + 6H2O. Die Atmung, ein Abbauprozess, der Energie freisetzt, kann als das Gegenteil der Photosynthese angesehen werden, die ein Aufbauprozess ist, der Energie in Form von Licht aufnimmt und daraus Kohlenhydrate produziert.
Der Prozess, bei dem Pflanzen atmen oder Energie aus Kohlenhydraten freisetzen, ähnelt dem Prozess, der bei sauerstoffatmenden Tieren abläuft. Die Atmung bei Tieren und Pflanzen ähnelt ebenfalls der Oxidation, bei der Wärme durch das Verbrennen eines Brennstoffs wie Holz freigesetzt wird. Obwohl Pflanzen Kohlendioxid benötigen, um durch Photosynthese Kohlenhydrate zu produzieren, verwenden sie auch Sauerstoff zur Atmung.
Wenn Sauerstoff nicht verfügbar oder begrenzt ist, können Pflanzen Energie aus gespeicherten Kohlenhydraten durch anaerobe Atmung freisetzen, die durch Fermentation in Pflanzen stattfindet. Im wissenschaftlichen Sinne bezieht sich Fermentation auf einen Stoffwechselprozess, der Energie aus einem organischen Molekül freisetzen kann und keinen Sauerstoff benötigt. Anstatt die Nebenprodukte von Kohlendioxid und Wasser zu erzeugen, erzeugt die Freisetzung von Energie durch Fermentation die Nebenprodukte von Milchsäure oder Ethylalkohol zusammen mit Kohlendioxid.
