Der humanste Weg, einen Befall von Erdhörnchen zu beseitigen, besteht darin, Lebendfallen in der Nähe des Einganges ihrer Nester zu verwenden, um sie herauszulocken, und die Fallen dann in größere Entfernung zu bringen, um sie in die Wildnis zu entlassen. Das Einzäunen von Bereichen wie Gärten und Pflanzen, die die Tiere normalerweise fressen würden, vertreibt die Tiere auch, um nach einer anderen Nahrungsquelle zu suchen.
Das Ausspülen der Eichhörnchen durch Fluten ihrer Nester mit Wasser vertreibt die Kreaturen und zerstört ihre Häuser, wodurch sichergestellt wird, dass sie nicht zurückkehren können, obwohl diese Methode die Chance hat, die Jungen zu ertrinken und zu töten oder diejenigen, die nicht entkommen können. Das Einbringen von bitteren Gelen in den Boden, wo die Kreaturen ihre Nester bauen würden, kann auch die Rückkehr verhindern, sobald das Nest ausgespült wurde. Die gleiche Methode funktioniert, wenn Fuchsurin in den Boden gegeben wird, da Füchse natürliche Feinde für die Eichhörnchen sind und der Geruch sie darauf aufmerksam macht, das Gebiet zu meiden, aus Angst, gejagt zu werden.
In den meisten Staaten ist es tatsächlich illegal, Erdhörnchen außerhalb der jeweiligen Jagdsaison zu töten. Daher sind Methoden, die als unmenschlich gelten, wie das Erschießen und Vergiften, illegal. Die Eichhörnchen haben auch Sinne, die Gift erkennen und sie warnen, den Köder oder das Gebiet zu meiden, das vergiftet wurde.