Natürliche Feinde von Fledermäusen sind Eulen, Falken, Falken, Schlangen und Hauskatzen. Im Osten Nordamerikas fordert die Pilzinfektion des Weißen Nasensyndroms seit 2014 einen verheerenden Tribut bei der Fledermauspopulation .
Eulen ernähren sich nicht ausschließlich von Fledermäusen, sondern gehören aufgrund ihrer nachtaktiven Gewohnheiten zu den Haupträubern von Fledermäusen. Die Fähigkeit einer Eule, lautlos zu fliegen, ermöglicht es ihr, fliegende Fledermäuse leicht zu fangen. Zwei Greifvogelarten, der Fledermausfalke und der Fledermausfalke, ernähren sich hauptsächlich von Fledermäusen. Fledermausfalken sind kleine Raubvögel, die in Nordmexiko und Teilen Südamerikas beheimatet sind. Sie sitzen oft und warten auf potenzielle Beute und schütteln manchmal sogar Äste, um Beute zu wecken. Der Fledermausfalke ist ein Raubvogel Afrikas, der Malaiischen Halbinsel und Neuguineas. Er besucht die Quartiere von Fledermäusen und Mauerseglern, wo er über 10 Tiere pro Minute frisst.
In einigen Teilen der Welt jagen Schlangen und Hauskatzen Fledermäuse. Schlangen verstecken sich in Bäumen oder an Höhleneingängen, um auftauchende Fledermäuse zu schnappen. Hauskatzen nehmen tagsüber gelegentlich Fledermäuse aus Quartieren und sind sogar in der Lage, die Tiere mitten im Flug zu greifen.
Seit 2014 ist das White-Nose-Syndrom für den Verlust von fast 6 Millionen Fledermäusen im Osten Nordamerikas seit seinem Auftreten in New York im Jahr 2006 verantwortlich. Die Krankheit unterbricht den Winterschlaf der Fledermäuse, wodurch die Tiere zu häufig aufwachen und zu kritische Reserven verbrennen. Außerdem dringen die Nahrungsstrukturen des Pilzes in das Gewebe ein und machen Löcher in die Flügel der Fledermäuse.
