Fledermäuse werden häufig von anderen nachtaktiven Tieren wie Eulen und Falken gejagt, die unbemerkt lautlos fliegen und sie im Flug fangen können. Schlangen sind auch ein weiteres gut getarntes Raubtier von fruchtfressenden Fledermäusen.
Fledermäuse können besonders anfällig für Schlangen sein, wenn sie in zugänglichen Fledermaushäusern schlafen. Schlangen sind geschickte Kletterer mit der Fähigkeit, bei der Öffnung von Fledermaushöhlen auf der Lauer zu liegen. Wiesel, Waschbären, Nerze und sogar einige Vogelspinnen sind opportunistische Jäger, die auch Fledermäuse als schmackhafte Mahlzeit finden.
Der Mensch ist jedoch die größte Bedrohung für Fledermäuse. Fangen, menschliche Eingriffe und die daraus resultierende Zerstörung von Lebensräumen haben ihren Tribut gefordert. In einigen Ländern, in denen Fledermäuse als lebensfähige Nahrungsquelle gelten, stellt die Jagd eine ernsthafte Bedrohung für die Fledermauspopulationen dar.
