Lewis und Clark überquerten die Bitterroot Mountain Range, einen nördlichen Abschnitt der Rocky Mountains. Obwohl die Gipfel der Bitterroots durchschnittlich 9.000 bis mehr als 11.000 Fuß betragen, fanden sie eine westliche Route über die Berge durch Lolo Pass, der auf einer Höhe von 5.236 Fuß liegt.
Eines der Hauptziele der Expedition von Lewis und Clark war die Suche nach der Nordwestpassage, einer hypothetischen Wasserroute vom Atlantischen Ozean zum Pazifischen Ozean. Weitere Ziele waren die Aufnahme diplomatischer Kontakte mit den amerikanischen Ureinwohnern, die Ausweitung des Pelzhandels auf neue Gebiete und die Erkundung des Missouri River, des pazifischen Nordwestens und des neu erworbenen Louisiana Purchase. Sie brachen im Mai 1804 mit 33 anderen Männern den Missouri River auf. In North Dakota bauten sie Fort Mandan, um den Winter abzuwarten. Im April 1805 fuhren sie den Missouri entlang bis sie die Rocky Mountains erreichten, wo sie zu Pferd weiterfahren mussten. Auf der anderen Seite der kontinentalen Wasserscheide fuhren sie mit dem Kanu den Clearwater und Snake River hinunter, bis sie den Columbia River erreichten, der sie den Rest des Weges zum Pazifik führte.
Lewis und Clark und die Männer ihrer Expedition, das Corps of Discovery genannt, kamen im September 1806 nach einer Reise von fast 8.000 Meilen in St. Louis an. Sie wurden von Präsident Thomas Jefferson, dem Kongress und der amerikanischen Öffentlichkeit als Helden empfangen.