Obwohl Thomas Jefferson ursprünglich die Idee einer starken Bundesregierung unterstützte, trat er 1793 aus dem Kabinett von Präsident George Washington zurück, hauptsächlich wegen seiner starken Ablehnung der föderalistischen Ansichten von Alexander Hamilton, insbesondere in Bezug auf die Finanzierung von Kriegsschulden. Jeffersons anonymer Entwurf der Kentucky Resolution war eine der ersten schriftlichen Erklärungen der Rechte der Staaten und ein Versuch zu beweisen, dass die von den Föderalisten unterstützten Alien and Sedition Acts von 1793 verfassungswidrig waren. Jefferson lehnte das Konzept der impliziten Befugnisse vollständig ab, wonach die Bundesregierung alle Befugnisse ausüben könnte, die in der Verfassung der Vereinigten Staaten nicht ausdrücklich verboten sind.
Thomas Jefferson wurde 1801 der dritte Präsident der Vereinigten Staaten und ersetzte schnell ehemalige Föderalisten durch Mitglieder seiner eigenen Demokratisch-Republikanischen Partei. Als Präsident konzentrierte er sich vor allem auf die auswärtigen Angelegenheiten und ließ den Staaten in Fragen der Kommunalpolitik eigene Entscheidungen zu. Zu Beginn seiner Amtszeit hob Jefferson die Whiskysteuer und andere Bundessteuern auf, schloss die seiner Meinung nach unnötigen Regierungsbehörden und begann mit dem Abbau des früheren föderalistischen Steuersystems, das von Alexander Hamilton eingerichtet wurde.
Jeffersons Ziel war es, die Gründung einer amerikanischen Aristokratie zu verhindern, die Ähnlichkeiten mit der britischen Monarchie aufwies, die die Vereinigten Staaten im Unabhängigkeitskrieg gekämpft hatten. Sein Eintreten für die Rechte der Bundesstaaten und eine Bundesregierung, die sich nicht in die lokale Regierungsführung einmischte, war eine Doktrin, die einige Landesregierungen als Recht auf Austritt aus der Gewerkschaft in den politischen Streitigkeiten interpretierten, die zum Bürgerkrieg führten.
