Die Pläne von Präsident Andrew Johnson für den Wiederaufbau waren die gleichen wie die Pläne von Präsident Lincoln: Die Gewerkschaft würde wiedervereinigt und der Süden sollte nicht bestraft werden. Johnson plante, dies zu tun, indem er Südstaatler begnadigte, die, obwohl sie nahm am Krieg teil, schwor den Vereinigten Staaten die Treue. Er nahm auch Staaten wieder in die Union auf, wenn 10 Prozent der weißen Wähler des Staates die Treue schworen. Nachdem sie der Gewerkschaft wieder beigetreten waren, erlaubte er ihnen, ihre Regierung ohne Sklaverei zu reformieren.
Trotz dieser großen Fortschritte beim Wiederaufbau wurde Johnson von der mächtigen republikanischen Partei weder unterstützt noch beliebt. Die Republikanische Partei wollte mehr Nachdruck auf den Schutz der befreiten Sklaven legen und den Wiedereinstieg in die Gewerkschaft erschweren. Darüber hinaus waren die Republikaner besorgt darüber, wie schnell die Südstaaten Gesetze verabschiedeten, um die Freiheiten ehemaliger Sklaven einzuschränken. Andrew Jackson und der Kongress arbeiteten nicht gut zusammen. Sie lehnten seine Pläne für den Wiederaufbau ab und Jackson legte im Gegenzug ein Veto gegen ihre Pläne ein. Der Kongress war jedoch in der Lage, ihre Wiederaufbaupläne mit einer ausreichend großen Mehrheit durchzustimmen. Der Kongress schränkte auch Jacksons Präsidentschaftsmacht durch die Verabschiedung des Tenure of Office Act ein. Dies bedeutete, dass Jackson keine Bundesbeauftragten mehr entfernen konnte. Als Jackson dies sowieso mit Kriegsminister Edwin Stanton tat, versuchte der Kongress, ihn anzuklagen. Das Repräsentantenhaus stimmte dafür, aber die Abstimmung im Senat verfehlte eine. Dieser Streit endete 1869, als Ulysses S. Grant Präsident wurde und die Wiederaufbaupläne des Kongresses voll und ganz unterstützte.
