Der Puritanismus war die Hauptreligion des kolonialen New Hampshire. Die Puritankirche wich schließlich der Congregationalist Church, einer Kombination aus puritanistischen Überzeugungen mit protestantischen, Quäker- und Baptistenkonfessionen.
Außerhalb des kolonialen Rhode Island war der Puritanismus die vorherrschende Religion für alle Kolonisten Neuenglands. Puritaner führten ein strenges religiöses Leben, und Andersdenkende wurden hart behandelt. Im Jahr 1689 verabschiedete das englische Parlament den Tolerant Act, der die körperliche Bestrafung von Andersdenkenden, wie das Abschneiden der Ohren von Quäkern oder das öffentliche Auspeitschen von Baptisten, stoppte. Dieses Gesetz befreite andere Religionen, ohne Strafe Kirchen in puritanischen Kolonien zu gründen. Puritanismus und Kongregationalismus blieben die vorherrschende Religion, bis das Große Erwachen Mitte des 18. Jahrhunderts die protestantische Bewegung entzündete.
