Häufige Nebenwirkungen von oralen Herzwurmbehandlungen sind Durchfall, Erbrechen und mangelnde Muskelkoordination. Nebenwirkungen von topischen Herzwurmbehandlungen sind Haarausfall an der Applikationsstelle, Durchfall, Erbrechen, Zittern, Hecheln und Sabbern. Zu den Nebenwirkungen der injizierbaren Herzwurmbehandlung gehören Krampfanfälle, Schock, Schwellungen, Hautreizungen oder Juckreiz, Durchfall und Erbrechen. Es ist selten, dass bei Hunden Nebenwirkungen von der Herzwurmbehandlung auftreten.
Zusätzlich zu den Nebenwirkungen der Herzwurmbehandlung können bei einigen Hunden auch allergische Reaktionen auf die Inhaltsstoffe des Herzwurmmedikaments auftreten. Ein Hund, der eine allergische Reaktion erleidet, kann Symptome wie Krampfanfälle, Schock, Nesselsucht, Juckreiz und Schwellungen zeigen, insbesondere im Gesichtsbereich. Hunde mit einem schweren Herzwurmbefall können anfälliger für Nebenwirkungen der Behandlung sein.
Einige Hunderassen reagieren besonders empfindlich auf die Wirkstoffe der meisten Herzwurmbehandlungen, Ivermectin und Milbemycin. Viele Collies, Whippets, australische Schäferhunde und Schäferhunde haben eine genetische Mutation, die es ihnen unmöglich macht, Herzwurmmedikamente aus ihrem Gehirn zu entfernen. Diese Anomalie kann die Wahrscheinlichkeit erhöhen, dass diese Hunde aufgrund einer Herzwurmbehandlung an Anfällen erleiden oder sogar sterben.
Herzwurm ist eine schwere Krankheit, die in vielen Gebieten als endemisch gilt. Die meisten Tierärzte sind der Meinung, dass die Vorteile einer vorbeugenden Behandlung gegen Herzwürmer die Risiken von Nebenwirkungen überwiegen.