Alligator-Eidechsen sind ausschließlich Fleischfresser und erbeuten eine Vielzahl von Tieren, die von Grillen und Schnecken bis hin zu Froschkaulquappen, Vogeleiern und sogar anderen Eidechsen und jüngeren Alligator-Eidechsen reichen. Sie sind gefräßige Jäger, die mit ihren kräftigen Kiefern angreifen und sowohl ihr Sehvermögen als auch ihr scharfes chemisches Gespür einsetzen, um Beute aufzuspüren und zu inspizieren, bevor sie sie treffen und verschlingen.
Alligator-Eidechsen jagen oft westliche Skinke und andere kleine Reptilien, mit denen sie Lebensräume teilen. Sie sind auch als Kannibalen bekannt und verzehren regelmäßig junge und frisch geschlüpfte Alligatorechsen, manchmal sogar ihre eigenen Jungen. Darüber hinaus gehen einige Forscher davon aus, dass sie Vogeleier suchen und konsumieren.
Insekten und Gliederfüßer bilden einen großen Prozentsatz der Ernährung der Alligatorechse. Spinnen und Skorpione werden regelmäßig gejagt, während weniger gefährliche Insekten wie Grillen, Schnecken, Saukäfer und Tausendfüßler häufiges Futter für die mächtige Eidechse sind. Larven und unreife Insektennymphen gelten ebenfalls als lebensfähige Beute.
Alligator-Eidechsen häuten sich regelmäßig und können auch ihren Schwanz abwerfen, wenn sie angegriffen oder verängstigt werden. Während das Abwerfen eines Schwanzes es der Eidechse ermöglichen kann, einem Raubtier oder Rivalen zu entkommen, leidet die Eidechse während des Nachwachsens, da der Regenerationsprozess ihren Körper stark strapaziert.
