Bakterien tragen dazu bei, die Gesundheit von Ökosystemen zu erhalten, indem sie tote Materie abbauen und Nährstoffe in nutzbare Formen umwandeln. Bakterien leben in allen Umgebungen und liefern den größten Teil des Sauerstoffs auf der Erde.
Bakterien sind Zersetzer, die organisches Material im Boden abbauen. Bakterien helfen beispielsweise dabei, totes Material, wie umgestürzte Bäume, in nutzbare Nährstoffe für lebende Organismen innerhalb des Ökosystems zu zersetzen. Das Ergebnis der Zersetzung toter Materie führt zu reicheren Böden, die verschiedene Ökosysteme unterstützen können.
Bakterien zirkulieren Nährstoffe, einschließlich Stickstoff und Kohlenstoff, um die Nährstoffe in nutzbare Formen umzuwandeln. Bakterien wandeln beispielsweise Kohlenstoff in Kohlendioxid um, das für die Photosynthese notwendig ist, den Prozess, mit dem Pflanzen Energie aus Licht gewinnen können. Ohne Bakterien würden die Primärproduzenten aufhören zu überleben. Die Sauerstoffproduktion ist ein direktes Ergebnis der bakteriellen Aktivität. Zum Beispiel produzieren Cyanobakterien, ein Bakterium, das in den Ozeanen vorkommt, eine beträchtliche Menge des auf der Erde verfügbaren Sauerstoffs.
Bakterien wandeln Stickstoff in Nitrate oder Nitrite um, bei denen es sich um Stickstoffformen handelt, die Pflanzen zum Wachsen verwenden können. Einige Pflanzen, wie Bohnen, speichern stickstoffproduzierende Bakterien in ihren Wurzelsystemen, um ein ordnungsgemäßes Wachstum zu gewährleisten. Bakterien leben auch in Tieren und werden von diesen Tieren verwendet, um Nahrung in verwertbare Nährstoffe aufzuspalten. Zum Beispiel verwenden Kühe und Giraffen Bakterien im Magen, um Pflanzenmaterial abzubauen, damit die Nahrung leichter verdaut wird, sodass die Tiere zum Überleben minderwertige Nahrung zu sich nehmen können.