Amöben gehören zur Domäne Eukarya, dem Reichsprotisten, den Phyllum-Protozoen, der Klasse Rhizopoda, der Ordnung Amöbida und der Familie Amöben. Dies ist die wissenschaftliche Klassifizierung der Gattung Amöben, die viele umfasst Arten von Amöben.
Die Klassifizierung von Lebewesen in der Biologie wird als Taxonomie, Nomenklatur oder Schema bezeichnet. Amoeba proteus ist ein repräsentatives Beispiel für die Art, deren Mitglieder sich durch eine amorphe Form und eine Antriebsmethode auszeichnen, die durch ein Merkmal namens Pseudopode erleichtert wird. Diese Eigenschaft der Amöbe ist auch für die Fütterung von Bedeutung. Alle Protisten, einschließlich der Amöben, sind einzellige Tiere, die einen Zellkern enthalten.
Amöben gehören zum Stamm der Amöben, wie er 1913 von Max Lühe beschrieben wurde. In den Jahren 2002-2003 wurden sie von Thomas Cavalier-Smith in das Königreich der Protozoen eingeordnet. Sie werden auch unter der Domäne Eukaryota eingeordnet, wie sie 1998 von Cavalier-Smith beschrieben wurde. Die Art oder Gattung wurde erstmals 1822 von Bory de Saint-Vincent beschrieben und später in die Familie der Amoebidae aufgenommen. 2014 wurden vier Hauptunterarten von Amöben identifiziert.
