Protozoen sind eine indirekte Nahrungsquelle für Menschen, Fische und andere Tiere. Protozoen spielen auch eine wichtige Rolle bei der Wasserreinigung, indem sie organische Abfallstoffe im Wasser abbauen. Prospektoren nutzen die Skelettablagerungen mariner Protozoen, um den Standort von Öl zu lokalisieren. Protozoen verursachen auch Malaria, eine Infektion, die jedes Jahr Millionen von Menschen tötet und schwächt und ihre Arbeitsfähigkeit beeinträchtigt.
Protozoen kontrollieren die Population von Bodenbakterien, indem sie sich von ihnen ernähren. Durch die Regulierung von Bakterienpopulationen sorgen Protozoen dafür, dass sie in der aktiven Wachstumsphase gehalten werden. Dies erhöht die Geschwindigkeit, mit der Bodenbakterien abgestorbene organische Stoffe abbauen. Protozoen scheiden auch Phosphor und Stickstoff in Form von Ammonium und Orthophosphat aus. Diese metabolische Ausscheidung hilft, den Boden anzureichern und das Pflanzenwachstum zu fördern.
Biologen verwenden Protozoen als Bioindikatoren. Das Vorhandensein oder Fehlen spezifischer Protozoen in einer Umgebung kann entweder auf eine ökologische Störung oder Integrität hinweisen. Da Protozoen Umweltgifte absorbieren und akkumulieren, können sie auch gesammelt und auf das Vorhandensein bestimmter toxischer Substanzen analysiert werden.
Die Skelettablagerungen toter Meeresprotozoen werden versteinert und in wichtige Sedimentgesteine umgewandelt. Diese wurden in einer Reihe von kommerziellen Anwendungen eingesetzt, z. B. als Bausteine, Filtermittel und Schleifmittel.
